Dans un Gotham City plongée dans l'ombre, un parrain de la pègre est assassiné par un inconnu vêtu d'une cape noire. Le procureur Arthur Reeves, nouveau venu dans la ville, accuse aussitôt Batman de ce meurtre, plongeant le chevalier noir dans une chasse à l'homme. Alors que la police le traque, Batman mène une enquête parallèle pour identifier le véritable meurtrier. En parallèle, Bruce Wayne croise le chemin d'Andréa Beaumont, une ancienne compagne dont le père fut autrefois impliqué dans les affaires des gangsters assassinés. Cette rencontre pousse le héros à revoir son passé, à l'époque où il avait failli abandonner sa mission de justicier.
Ce film d'animation mêle action, mystère et drame, avec une ambiance sombre et introspective qui rappelle les origines des comics de Batman. La narration s'appuie sur des thèmes classiques de la série, tels que la dualité entre Bruce Wayne et Batman, ainsi que les liens ténus entre le passé et le présent. Le ton est sobre, mais intense, reflétant une époque où les super-héros commençaient à explorer des thèmes plus profonds.
Réalisé par Eric Radomski et Bruce Timm, deux figures clés de l'univers Batman, le film s'appuie sur un casting de voix de premier plan, dont Kevin Conroy dans le rôle de Batman, Dana Delany en tant qu'Andréa Beaumont, et Hart Bochner dans celui d'Arthur Reeves. La direction artistique et le scénario mettent en avant une approche plus mature et réfléchie du personnage, en accord avec l'identité visuelle emblématique de la série.
À la croisée du crime, du mystère et de l'exploration personnelle, Batman contre le Fantôme masqué s'adresse autant aux fans de l'univers Batman qu'aux amateurs de films d'animation qui privilégient l'histoire et le développement des personnages.