Dans la prison de Carandiru, São Paulo, où la désolation règne en maître, un célèbre médecin est chargé d'implanter un programme de prévention contre le sida. Débordée par ses 7 000 détenus et aux murs lézardés, cette geôle est à bout de souffle. Ce praticien, habitué des soins de luxe, va être contraint d'évoluer en fonction de son intuition. Il commence alors à découvrir les individus qui peuplent ces murs : leur réalité spécifique, leur humanité et leur capacité exceptionnelle à survivre dans l'adversité. Progressivement, il gagne le respect de ses patients et découvre leurs secrets, les uns après les autres. A travers son regard médusé, la tragédie sociale d'un pays qui se dégrade se révèle petit à petit, jusqu'à atteindre un point culminant avec le drame du massacre de Carandiru