Le physicien Joseph Brody a vécu une douleur profonde il y a 15 ans avec la disparition de son épouse, victime d'un tragique accident nucléaire à Tokyo. La version officielle parle d'un séisme cataclysmique, mais Brody reste persuadé qu'il s'agit en réalité d'une catastrophe d'une autre nature. Son fils Ford, soldat dans la Navy, partage son scepticisme et décide de mener son propre enquête.Alors que l'armée est déployée pour faire face à une menace inconnue, le scientifique et son fils sont en quête de la vérité derrière les événements. Ils ont cependant d'autres soucis, car un monstre gigantesque, résultat des tests nucléaires dans l'océan Pacifique, menace désormais l'archipel d'Hawaï et le littoral de l'Ouest des États-Unis. L'armée est présente sur place pour affronter cette énorme créature