Les Érudits du futur débarquent sur Terre, porteurs d'une prophétie de destruction. Ils prétendent venir d'un avenir où l'apocalypse s'est déjà accomplie, et proposent au gouvernement d'éliminer la menace qui pèse sur le Japon avec leur aide précieuse. Les Érudits du futur, accompagnés de quelques dignitaires japonais, se décident à voyager en 1944 vers une île du Pacifique où réside un être légendaire, celui qui donnera naissance, après irradiation, au terrible Godzilla.Cependant, une fois sur place, les Érudits du futur abandonnent trois de leurs propres créatures, des petits monstres appelés Dorats, que ils contrôlent par la pensée. De retour dans le présent, tout le monde réalise avec terreur que les Dorats ont été exposés aux radiations et sont devenus un terrible fléau : les trois têtes de l'épouvantable Kamoïdorah, un monstre qui ravage le Japon sous le contrôle des Érudits du futur. Et ainsi, alors que tout le monde croyait la menace éliminée, Godzilla, ce géant légendaire, se réveille, prêt à affronter son nouveau et terrible adversaire : Kamoïdorah