1969. L'heure venue où le docteur Jones met un terme à sa longue carrière universitaire, il était sur le point de savourer la sérénité promise par sa retraite. Cependant, l'apparition inattendue de sa filleule Helena Shaw remet tout en question. Celle-ci, dans la poursuite d'un trésor antique précisément déposé à la garde d'Indiana Jones quelques années plus tôt - le fameux cadran d'Archimède - s'éclipse avec ce dernier après avoir fait croire à son père qu'elle allait le rendre. Pour retrouver cet objet de grande valeur, Indy se voit contraint de reprendre du service