Dans l'éclat du soleil sur une plage désertique près de Suna, un mystère se dévoile. Les ninjas du Sable, sous le commandement de Gaara, affrontent une énigme qui les met à l'essai. Dans le même temps, Naruto, Sakura et Shikamaru sont confrontés à un adversaire redoutable lors d'une mission, dont la véritable nature est encore inconnue. Parmi eux se trouve un jeune garçon en armure, doué de pouvoirs inhabituels. Après avoir été secourus par une caravane nomade, Naruto et ce mystérieux garçon, appelé Temujin, entament une conversation qui pourrait changer leur destinée. Temujin est membre d'un groupe idéaliste, déterminé à créer un monde parfait : Utopia. Dans cet esprit de tolérance et de solidarité, il recherche la Pierre de Guelel, une pierre aux pouvoirs légendaires qui selon lui, pourrait apporter la paix et l'harmonie au monde. Mais les apparences sont souvent trompeuses