Nick Daley, gardien de nuit au musée américain d'histoire naturelle, vit un été chargé avec ses responsabilités. Mais en plus des tâches quotidiennes, il a l'avantage de retrouver vie dans les murs du musée une fois le soleil disparu. C'est alors que les créatures anciennes comme Teddy, Sacagawea et Rexou prennent place dans la lumière des lampes, leur personnalité se révélant à nouveau.Mais ce répit est bref car Kahmunrah, un pharaon aux ambitions farouches, s'échappe. Son intention, bien sûr, est de libérer les troupes des morts et d'ouvrir les portes de l'enfer égyptien. Nick se retrouve donc au centre d'une aventure acharnée pour arrêter Kahmunrah et sauver le musée d'un désastre total