Dix-huit ans après les événements de Matrix Revolutions, Thomas A. Anderson (alias Neo) a perdu toute mémoire des évadés de la prison virtuelle qui l'avaient libéré. Il mène une vie monotone à San Francisco, se rendant régulièrement chez un psychiatre pour partager ses rêves incohérents et suivre un traitement avec des pilules bleues. Mais les souvenirs commencent à revenir, et il retrouve des visages familiers dans son quotidien. Un homme d'un certain âge, Morpheus, apparaît, offrant un choix simple : rester dans la Matrice ou prendre l'initiative de se libérer