Après avoir été impliquée dans une affaire terroriste mondiale qui a suscité l'attention de tous les services secrets du globe, Mission Impossible est contrainte de suspendre ses opérations légales pour un temps indéfini. Le Protocole Fantôme est désormais la seule solution pour faire cesser toute controverse autour d'eux. Ethan Hunt et son nouveau groupe d'élite doivent alors se fondre dans l'anonymat, travaillant à l'écart des regards inquisiteurs de leur époque. La plus grande prudence doit être observée, aucun contact extérieur autorisé ; aucune aide ne sera donnée, ils sont seuls avec leurs forces et leur intelligence face aux défis qui les attendent dans cette mission clandestine