La mort tragique de sa famille à la main du mercenaire Sub-Zero a conduit Hanzo Hasashi vers un destin funeste. Pour effacer l'ombre de la vengeance, il se retrouve dans le Netherrealm, une réalité cauchemardesque où les âmes défuntes évoluent entre l'enfer et le néant. Là-bas, en servant Quan Chi, un maître du malin, il renaît sous la forme de Scorpion, un vengeur solitaire qui se consume d'une fureur meurtrière. De retour sur Earthrealm, Lord Raiden rassemble une équipe de valeureux guerriers : le moine Shaolin Liu Kang, l'officier Sonya Blade et Johnny Cage, un héros aux prises avec la gloire. Ce petit groupe improbable de champions a pour mission de sauver l'humanité d'un cataclysme planétaire – vaincre Shang Tsung et sa troupe de gladiateurs, qui ont conquis le Mortal Kombat