L'équipe de Naruto, Sakura et Sai, conduite par Yamato, a pour mission de se rendre au Pays du Vent, à Rôran, pour protéger un sceau vital. Lorsque notre héros est aspiré dans le passé, il y rencontre Sâra, la reine de Rôran, ainsi que des ninjas mystérieux originaires de Konoha, dont l'un lui ressemble étrangement. Ce groupe d'entraîneurs lui révèle qu'il fait face à une menace qui n'est autre que Mukade, conseiller de Sâra, arrivé six ans avant lui. Le seul moyen pour Naruto de retrouver son temps est de vaincre Mukade. Mais ce défi sera bien plus difficile que prévu