Phinéas et Ferb sont aux anges car le jour tant attendu de Perry approche. Leur ornithorynque de compagnie allait fêter ses 5 ans et ils étaient prêts à lui organiser la journée de sa vie ! Mais comme souvent, les plans de Phinéas et Ferb pour célébrer ce grand jour sont déjà en branle, notamment avec l'inauguration de leur catapulte, baptisée "l'ornithopulte", qui allait améliorer incontestablement le badminton. Cependant, juste à l'instant où les deux frères se préparaient à laisser libre cours à leur imagination pour rendre ce jour irréprochable en compagnie de Perry, celui-ci disparut subitement. Le Major Monogram venait d'appeler Perry pour une nouvelle mission secrète et Phinéas et Ferb, bien décidés à ne pas laisser cela gâcher leur bonheur, décident de continuer à fêter l'anniversaire de leur compagnon animalier comme s'il était encore là. Leurs projets d'anecdotes, de jeux amusants et d'un cake extraordinaire seront exécutés sans le moindre détail omis, et ils se promettent même de laisser une petite note à Perry pour lui faire savoir que rien ne changerait dans leurs plans pour ce grand jour. Mais alors que tout cela semblait s'envisager, les frères découvrirent avec surprise que l'ornithopulte pousserait bien au-delà des espérances ! Cet engin extraordinaire allait envoyer Phinéas et Ferb directement à la base de l'organisation criminelle du docteur Doofenschmirtz, chef de la "Doofenschmirtz Maléfique Anonyme"