La légende évoque un Pokémon unique divin qui se serait scindé en deux jumeaux à la suite d'un conflit entre réalité et idéal. L'un avait Zekrom, le symbole de l'idéal, tandis que l'autre était associé à Reshiram, le représentant de la réalité. À Eindoak, un ancien château en ruine nommé "l'épée de la Terre", trois aventuriers - Sacha, Iris et Rachid - assistent aux fêtes du village. Ils y rencontrent Victini, doté d'un pouvoir capable d'influencer les humains et les Pokémon. Cependant, l'ambition de Dread Grangil, un descendant du royaume, est de s'emparer de ce pouvoir à tout prix, ce qui menacerait Eindoak. Cette situation s'envenime avec l'apparition de Reshiram et Zekrom, les symboles des idéaux opposés, dont le rôle dans ces événements reste mystérieux