Lorsqu'Elisabeth Shaw découvre un mystérieux lien entre plusieurs artefacts anciens, elle éprouve une intuition forte qu'il s'agit d'un indice majeur remettant en cause notre compréhension commune de l'origine de l'humanité sur Terre. Sous la supervision de Meredith Vickers et du personnel scientifique de l'équipe, un voyage spatial vers les confins inexplorés de l'univers est décidé, pour y explorer une planète mystérieuse. La découverte qu'ils effectueront dans cet endroit perdu de l'espace conduira à une confrontation fatale qui influencera définitivement le destin des humains