Sonic est prêt à donner la mesure de son courage dans la charmante ville de Green Hills, où il veut se démontrer comme un véritable héros. Mais surgit soudainement une épreuve colossale : la réapparition du Dr Robotnik ! Ce scientifique fou a cette fois-ci choisi de s'allier avec Knuckles, son nouveau partenaire en crime. Ensemble, ils lancent une mission pour se procurer un puissant joyau – l'émeraude – dont le pouvoir pourrait potentiellement menacer toute la planète. Pour éviter que cette précieuse pierre ne tombe entre des mains mal intentionnées, Sonic décide de s'allier avec Tails. Ensemble, ils partent à la conquête du monde en franchissant les plus grands déserts et les plus profonds océans, traversant par ailleurs des terres où les dangers et les mystères se multiplient