Rebecca et Cyril Wilson, les jumeaux de Wilbur Wilson, reporter en mission à travers le monde, ont une surprise en perspective. Leur mère adoptive, Marissa Cortez, c'est-à-dire leur belle-mère, est dans le secret. En effet, elle a été agent de l'OSS (Organization of Super Spies), cette célèbre agence d'espions qui a pris la relève après la fermeture de la division Spy Kids, considérée comme la meilleure des meilleures. Mais Marissa ne les laisse rien deviner, car elle reçoit un appel du chef de l'OSS. Oni menace désormais la planète. Le méchant surnommé le Timekeeper est une force redoutable, capable de bouleverser l'ordre de la Terre. Les jumeaux ont bien sûr leurs différences, mais ils sont finalement choisis par l'OSS pour faire équipe et mener à bien leur mission secrète. Ils ne sont pas les seuls puisqu'ils seront aidés par Juni et Carmen Cortez, les anciens agents des Spy Kids qui ont eux aussi une grande expérience dans la lutte contre les dangers planétaires