Dans un monde souterrain où les plombiers sont rois, Mario et Luigi se retrouvent coincés dans une aventure inattendue alors qu'ils tentent de réparer une canalisation. Alors que le mystérieux conduit se referme derrière eux, laissant Luigi perdu, Mario décide d'engager une quête pour retrouver son frère disparu. Avec l'aide de Toad, un champignon aux compétences surprenantes, et les conseils tactiques de la Princesse Peach, guerrière sans faille, Mario se lance dans un périple rempli de rebondissements et d'obstacles pour retrouver Luigi et retourner à leur vie normale