Superman, le sauveur de Metropolis, est confronté à un adversaire redoutable : Brainiac, un cyborg aux ambitions sans borne. Ce dernier s'attaque à des civilisations entières, les vidant de leur intelligence et de leur connaissance avant de les effacer définitivement. Sa méthode consiste à préserver un exemplaire de la ville et de ses habitants en tant que trophée macabre. Pour enrayer ce fléau, Superman s'appuie sur l'aide précieuse de Supergirl, et ensemble ils cherchent à mettre fin aux ambitions dévastatrices de Brainiac avant qu'il ne soit trop tard pour la planète