Dans un élan de mélancolie, Yusei Fudo décide de s'évader de son malheur en moto avec ses amis. Mais leur fête est interrompue par l'apparition soudaine de Paradox, un mystérieux duelliste masqué qui lui vole la carte fétiche Dragon Poussière d'Étoile. Le voleur s'enfuit à travers une brèche dans le temps, laissant Yusei avec un destin à accomplir. Au même moment, l'univers est menacé de disparition et pour empêcher cela, Yusei doit parcourir les âges pour rallier les héros du passé et du présent : Yugi Muto et Jaden Yuki. Ensemble, ils doivent prendre le contrôle pour sauver Pegasus, le créateur des duels de monstres, et éviter la descente dans l'abîme du chaos…