Environ dix ans se sont écoulés depuis les derniers événements survenus sur Pandora. Jake Sully et Neytiri ont atteint une nouvelle étape de leur vie ensemble : ils ont un enfant. Leur existence paisible, en harmonie avec la nature, est maintenant menacée par la réapparition de la "Ressources Développement Administration", une organisation à problèmes graves. Face à cette menace, Jake et sa famille sont contraints de quitter leur habitat. Ils se dirigent vers les récifs, lieu où ils espèrent trouver un refuge sûr. Là-bas, ils découvrent le clan des Metkayina, dont la culture est différente de celle qu'ils connaissent