Les vacances de Ben Tennyson, sa cousine Gwen et leur Grand-père Max se terminent avec un regret profond. Pour la rentrée, ils doivent retourner dans leur ville natale de Belwood, ce qui signifie pour Ben que ses aventures en tant que super-héros prennent fin. Il doit abandonner son costume pour reprendre une vie normale, mais cela ne dure pas longtemps.Tandis qu'ils se préparent à rentrer dans la routine scolaire, Eon, un extra-terrestre énorme et très ancien, s'évade de sa prison. Capturé par les Plombiers il y a bien longtemps, il avait toujours rêvé d'en finir avec ses geôles pour revoir son peuple, mais surtout pour se venger des Tennyson qui l'avaient capturé.Sa première étape est de retrouver Ben et lui voler son Omnitrix. Avec ce pouvoir en sa possession, il espère réussir à invader la Terre et imposer son règne sur le monde entier. Les vacances de Ben ont été un moment agréable, mais elles se terminent dans une tempête, préludant à des aventures encore plus dangereuses que celles qu'il a eues jusque là