L'histoire prend un tournant inattendu lorsque l'armée de Britannia se rapproche du continent européen. L'équipe W-Zero, une unité spéciale de la défense de l'UE, est sur le point d'être écrasée par les forces britanniques. Leila Malkal, aristocrate et commandant de l'unité, fait appel à des recrues pour remplacer les pertes colossales subies lors d'une mission dévastatrice qui a coûté la vie à 99 % du personnel restant. L'équipe ne compte plus que quelques éléments survivants dont le mystérieux pilote Akito Hyuuga, un soldat inexplicablement encore en vie, et doit maintenant affronter l'ennemi britannique avec une force réduite à la peau des dents