Après avoir mis fin à la vie de l'ancien chef des chevaliers, Shin prend le contrôle de l'unité et est nommé commandant des Chevaliers de Saint-Michel. Cependant, son unité « W-Zero » tombe dans une embuscade orchestrée par Akito, qui a découvert la véritable identité de son frère. Mais grâce à son pouvoir du Geass, Akito repousse les assaillants et se retrouve face à face avec Shin. Le convoi étrange qui est arrivé en gare de St Petersbourg reste une énigme, mais il ne fait que renforcer l'impression qu'une bataille épicentre est imminente. La question qui se pose désormais est : Akito parviendra-t-il à maîtriser son pouvoir du Geass ou le succés sera-t-il déterminé par un affrontement avec Shin ?