Sur la planète Mars en 2071, une catastrophe se produit : un camion-citerne éclate dans le cratère d'Alba City. La déflagration fait des dizaines de morts et met en danger des centaines de personnes qui succombent à une maladie inconnue. Les autorités suspectent une attaque biologique terroriste et lancent une grande enquête.Les chasseurs de prime du Bebop, un groupe spécialisé dans l'extraction de primes, voient là une opportunité d'enrichissement et décident d'investir leur temps. Ils se lancent dans la recherche des responsables, confrontés à diverses pistes : une ombre qui glisse discrètement, une capsule de poison suspecte, un grand groupe pharmaceutique soupçonné d'être impliqué, un tatouage mystérieux et un ancien suspect décédé. L'unité militaire spéciale qui surveille la situation fait également leur apparition dans l'enquête