Dans la lande sauvage d'un Japon échappé à la réalité, Kubo trouve refuge dans un petit havre de pierres, perché sur le flanc d'une falaise. Son apparence défraîchie fait croire qu'il est juste un errant, mais en réalité, il possède un esprit percutant et une intelligence vive. Il vit modestement du conteur de rue, racontant des histoires extravagantes à la population locale de pêcheurs, qui se délectent de ses récits enrobés d'origamis vivants au son de son Shamisen magique. Hosato, Hashi et Kameyo sont les plus fervents parmi sa clientèle fidélissime. La nuit, le jeune garçon rejoint sa mère, qui sombre régulièrement dans une trance mystérieuse entre l'aube et le crépuscule