Lors de leur retour sur Terre, après la découverte de l'Atlantide, Milo Thatch et son équipe se rendent compte que leurs aventures sont loin d'être terminées. En effet, ils doivent enquêter sur une série de mystères inquiétants qui les obligent à remonter à la surface. Partout dans le monde, des phénomènes insolites apparaissent, depuis les déserts poussiéreux du sud-ouest jusqu'aux sommets glacés des montagnes du nord. Kida découvre alors que les cristaux enchantés de sa cité possèdent un pouvoir bien plus grand qu'il ne le pensait, et que ces mystères pourraient être liés à son propre passé