La ville de New York est secouée par l'arrivée des quatre guerriers ninja les plus fameux au monde : Michelangelo, Donatello, Leonardo et Raphael. Leur objectif ? Infiltrer la ville pour affronter Shredder et son équipe de tueurs à gages qui comptent maintenant Bebop & Rocksteady parmi leurs rangs. Mais il y a plus encore en jeu : Baxter Stockman les attend avec un projet de domination de l'humanité que même les Ninja Turtles ne peuvent pas résoudre seuls.Les quatre frères ninja sont soutenus dans leur combat par leur amie d'enfance April O'Neil et son camarade Vern Fenwick. Mais ils n'auront peut-être pas besoin de cette aide puisque Casey Jones, un justicier anonyme armé du couteau à glace, les rejoint dans la lutte contre Shredder.Mais ce combat sera difficile. Krang qui veut conquérir l'humanité se joint à la bataille et avec son intelligence scientifique et ses hommes de main, il est capable de résoudre presque tout problème et le monde des Ninja Turtles ne sait pas s'il peut survivre à cette attaque massive d'un ennemi aussi puissant