Après des années passées en retraite, les frères Tortues décident de sortir de leur cocon et d'immerger leurs pieds dans la vie urbaine new-yorkaise. Afin de prouver à tous qu'ils sont plus que juste des héros silencieux, ils prennent l'initiative de s'engager dans un aventure folle qui leur permettra d'être acceptés par les adolescents locaux comme l'un d'eux. Lorsque leur nouvelle amie April O'Neil arrive sur les lieux, elle les encourage à se pencher sur le mystérieux syndicat du crime qui menace la ville mais ils se retrouvent dépassés lorsque des créatures étranges et mutantes surgissent de nulle part pour faire face à leurs actes héroïques