La Justice League a disparu et les super-vilains ravagent Metropolis. Il n'y a qu'une seule équipe pour résoudre ce mystère : Scooby-Doo et sa bande. Mais Krypto, le Superchien de Superman, est aussi sur place avec ses pouvoirs exceptionnels. Ensemble, ils vont faire face aux fantômes qui hantent le quartier général de la Justice League. Mais qui est vraiment derrière cette intrusion ? Lex Luthor a-t-il changé ou travaille-t-il toujours avec le Joker et Harley Quinn pour mettre Metropolis en danger ? Les super-vilains de DC ont déjà affronté Superman, mais ils vont maintenant devoir faire face à quelque chose de tout nouveau : une bande de détectives amateurs !