Le récit de Sword of the Stranger se déroule dans le Japon tumultueux de l'ère "Sengoku", marqué par des conflits sans fin. Un rônin anonyme sauve la vie d'un jeune orphelin, Kotarô, et son fidèle chien Tobimaru, enragés par un incendie. Alors que les cendres s'éteignent, une mystérieuse milice venue de Chine se met à la recherche de Kotarô, déterminée à l'utiliser dans un rituel occulte qui leur procurerait la vie éternelle. Le rônin anonyme et le jeune garçon décident de faire route ensemble en échange d'une pierre précieuse que Kotarô a reçue d'un moine solitaire. Les destins des deux personnages vont alors se lier de manière inévitable, amorçant une histoire touchante de fraternité entre un samouraï désarmé et un jeune garçon qui a connu la perte de ses parents