La défaite de The Shredder a laissé un vide dans l'armure des quatre frères, Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo. Les liens qui les unissaient ont commencé à se distendre, comme un fil sollicité au-delà de ses limites. Splinter, leur sage guerrier rat, fait de son mieux pour maintenir un semblant d'unité dans cette équipe tumultueuse, mais il sent une menace pesante sur New York.Max Winter, un industriel riche et impitoyable, est en train de rassembler une armée de monstres pour dominer le monde. Les Tortues ne sont pas seuls dans leur lutte, car April O'Neil et Casey Jones les soutiennent avec courage et détermination. Cependant, ils devront affronter à nouveau le clan mystérieux des "Foot", recruté par Winter pour accomplir son plan diabolique