Lyra, une enfant rebelle de 12 ans, vit au cœur de Jordan College, un établissement de l'Université d'Oxford, dans un monde qui se dérobe à la vue de tous. Son compagnon loyal, Pantalaimon, un être capable de prendre de nombreuses formes animales, est son seul réconfort face aux sombres menaces qui pèsent sur leur monde. L'Organisation du Magisterium, un puissant gouvernement mondial, s'empare de plus en plus d'influence, ses activités occultes suscitent une peur profonde parmi les habitants. Les rumeurs parlent d'enfants emmenés par des mystérieux Enfourneurs vers une station expérimentale secrète dans le Nord, où on leur impose de terribles expériences... Lorsque Roger, l'ami cher à Lyra, disparaît à son tour, la petite fille se jure de partir en quête de lui, ne s'arrêter que lorsque les lointains horizons du monde auront été atteints