L'oncle de Sonoko Suzuki, Jirokichi, a orchestré un piège audacieux en invitant Conan et ses amis à bord du Bell Tree, le plus grand dirigeable au monde. Mais ce qui semblait être une invitation exceptionnelle se révèle être une ruse pour finalement capturer le mystérieux Kaito Kid. Cependant, leur plan est bousculé par l'apparition inattendue de terroristes armés jusqu'aux dents, qui menacent de libérer un virus mortel à l'intérieur du dirigeable si leurs exigences ne sont pas satisfaites. Avec la vie en jeu, Conan et ses amis doivent maintenant se battre pour survivre dans une situation de désespoir ! Pourront-ils échapper à cette impasse ?