Dans un futur cyberpunk où les technologies avancées cohabitent avec la brutalité humaine, Motoko Kusanagi et Batou, deux cyborgs de l'unité spéciale Section 9, affrontent une menace inattendue : le Puppet Master. Ce pirate informatique insaisissable a capturé leur attention, mais il n'est pas l'unique préoccupation de ces cyborgs. Une guerre secrète des services en cours les oppose à la Section 6, qui cherche à exploiter les talents du Puppet Master pour atteindre son objectif : le projet « 2501 », une entreprise mystérieuse et complexe qui pourrait changer le cours de l'histoire