Dans un Japon cyberpunk, où l'intelligence artificielle façonne la vie des citoyens, le major Motoko Kusunagi est confrontée à une crise identitaire profonde. Sa perfection technique est remise en question par les paradoxes de son existence, car elle appartient à une organisation policière qui lutte contre les menaces virtuelles sans frontières. Lorsque la trace du 'Puppet Master', un hacker légendaire, est découverte, Motoko se sentir irremplaçablement attirée vers l'aventure de pénétrer le monde numérique caché de celui-ci, espérant y trouver les clés pour comprendre son propre être et ses propres motivations