Dans un monde régi par les conventions administratives, Thomas Anderson prend une deuxième identité nocturne : Neo, le pirate informatique. Entre son quotidien de programmeur anonyme et ses aventures numériques, il est hanté par des rêves étranges et des messages mystérieux venus d'un certain Morpheus. Ce dernier l'incite à explorer au-delà de la surface, à chercher une réponse à la question qui le tourmente : qu'est-ce que la Matrice ? Cet enigma reste impénétrable, mais Morpheus croit fermement que Neo est l'élu attendu, le sauveur mythique de l'humanité. Ensemble, ils plongent dans un combat acharné contre les forces obscures qui contrôlent la Matrice et ses agents redoutables