La guerre des rebelles contre les Machines atteint son paroxysme dans une ultime bataille incendiaire. Tandis que Sion est ravagé par l'armée mécanique, ses habitants se mobilisent pour une dernière résistance désespérée. Mais réussiront-ils à repousser les vagues inlassables des Sentinelles avant que Neo ne maîtrise pleinement sa puissance et mette un terme à la carnage ? Smith, quant à lui, a pris possession de l'esprit de Bane, renforçant ainsi son contrôle sur l'un des pilotes de l'aéroglisseur. De plus en plus redoutable, il menace désormais d'anéantir l'empire des Machines et les deux mondes : la Matrice et le monde réel