En 15 ans de carrière chez les Men In Black, l'agent J a côtoyé des phénomènes qui dépassaient la compréhension humaine. Mais rien ne le laissait aussi abasourdi que son partenaire, K, dont les intentions et les motivations restaient un mystère pour lui. Lorsque la vie de K et l'avenir de la Terre sont mis en danger, J décide de prendre des mesures extrêmes pour sauver son ami. Il remonte le temps afin d'éviter ce qui s'est passé et retrouver le partenaire qu'il pense avoir perdu à jamais. Mais lorsqu'il découvre que K avait caché un secret universel dont il ne lui en a jamais parlé, l'agent J doit vite changer de stratégie. Il est contraint d'unir ses forces avec un K plus jeune, qui semble être une version différente du personnage qu'il connaît et admire depuis des années. Ensemble, ils doivent sauver la vie de son partenaire, protéger l'agence des Men In Black et garantir l'avenir même de l'humanité…