En quatre années passées à protéger la Terre de toutes sortes d’invasions extraterrestres, l’agent J, qui travaille secrètement au quartier général des Men in Black, a toujours manqué de ce élément crucial qu’est un partenaire fiable pour faire équipe. Un crime étrange impliquant des extraterrestres a déclenché une alerte à l'agence et révélé l’existence d’un complot sinistre menaçant notre planète. Serleena, une séductrice maléfique qui s’est habillée en un top-model aux charmes sensuels, est prête à tout pour accomplir son projet diabolique. J a désormais absolument besoin des services de K, ancien partenaire de confiance qui n’a plus aucun souvenir des MIB et est depuis parti travailler à la Poste. Il faudra donc par tous les moyens le faire sortir de sa retraite