Deux ans après l'adieu à la Mystère & Cie, le célèbre chien d'alarme Scooby-Doo se retrouve en compagnie de ses fidèles amis Fred, Daphné, Sammy et Véra sur Spooky Island. Leur présence est requise suite à une série inattendue d'événements inexplicables dans l'immense parc d'attractions de Spring Break. L'excentrique propriétaire de l'île, Émile Mondavarious, a peur que le lieu soit réellement hanté et compte sur la bande pour résoudre au plus vite ces mystères troublants afin d'éviter la fuite de sa clientèle.Les cinq amis acceptent cette mission avec enthousiasme. Faut-il craindre des fantômes, des monstres ou encore des effets spéciaux ? Ils pensaient avoir tout vu dans leur passé de détective amateur. Mais sur Spooky Island, ils sont loin d'être au bout de leurs surprises