Après une année passée en Amérique, Kurisu revient à Akihabara, son esprit fou de scientifique et son cœur d'ingénieuse se rejoignent enfin avec Okabe. Mais leur réunion est de courte durée car celui-ci commence à être envahi par des images d'autres réalités, les lignes du temps s'étant décalées en raison de ses aventures dans le passé.Kurisu est prise entre deux feux : son instinct de scientifique qui l'incite à remonter dans le temps pour sauver Okabe et son cœur qui lui souffle de ne pas risquer la destruction du monde en essayant de le sauver