Dans les profondeurs du Kilimandjaro, une légende sinistre entoure la Boîte de Pandore, un artefact redoutable capable d'anéantir l'humanité en quelques heures. Lara Croft, cette archéologue aux allures de star, s'apprête à se saisir de l'orbe contenant les coordonnées de ce trésor mythique lorsque soudainement, un commando chinois surgit dans le temple sous-marin et s'en empare. Sauvée in extremis par ses compagnons fidèles, Bryce et Hillary, Lara regagne son domaine familial où elle bientôt reçoit la visite d'émissaires du MI 6, chargés de lui révéler que l'instigateur de ce coup de force est le Dr Jonathan Reiss. Ce scientifique enclin à la megalomanie a la réputation de fournir des armes biologiques hautement sophistiquées aux plus offrants…