Dans un univers où les règles traditionnelles sont révolues, El Topo se livre à une mission héroïque pour conquérir le cœur d'une femme qui le fascine. Les Quatre Maîtres du Désert, redoutables adversaires, lui présentent un défi que seul un guerrier exceptionnel peut relever et il les vainc. Mais, dans ce voyage vers la victoire, sa conscience l'oblige à questionner son existence passée. Cependant, ce n'est qu'à la suite de l'inattendu trahison de celle qu'il aimait qu'il commence une nouvelle vie en tant qu'être saint et se sentira inspiré pour libérer une communauté des marginaux qui subissent les injustices du monde