Le quatrième volet de Rebuild of Evangelion se déroule dans un Paris ravagé par la core-ization. Misato, à la tête du groupe anti-NERV Wille, arrive dans cette ville en ruine pour tenter d'y mettre fin à l'effondrement catastrophique. L'équipage du vaisseau Wunder atterrit sur une tour de confinement avec comme objectif de rétablir l'ordre dans les 720 secondes suivantes.Alors que l'horloge biologique s'accélère, une foule dense de NERV Evas apparaît à Paris. Mari et son Eva 8 amélioré sont envoyés pour stopper cette invasion. En parallèle, Shinji, Asuka et Rei se trouvent au Japon, flânant sans réel objectif précis.Il est clair que le conflit entre les différentes factions ne faiblit pas dans la série et qu'une résolution semble de plus en plus lointaine