La catastrophe du Second Impact a marqué les esprits, et Tokyo-3 est désormais sous la menace directe du Quatrième Ange. La NERV, avec son équipe d'élite, est chargée de sauver l'humanité. Shinji Ikari prend le contrôle de l'EVA-01, un pilote unique dans sa génération, tandis que Rei Ayanami commande l'EVA-00 avec une maîtrise à la fois fragile et formidable. Malheureusement, les efforts du EVA-01 sont considérablement limités par les dégâts causés par le Sixième Ange. Dans un désespoir houleux pour gagner, Misato Katsuragi se met en quête d'un moyen permettant à l'EVA-01 de vaincre l'Ange redouté : canaliser toute l'électricité du Japon dans le puissant fusil à positron que possède l'engin