Le combat intérieur de Mari Makinami Illustrious se déroule dans un environnement virtuel tout en pilotant l'EVA-05 Provisoire, tandis que Shinji Ikari se confronte à la réalité du danger représenté par le Troisième Ange ressuscité. Dans une autre partie du champ de bataille, Asuka Shikinami Langley et l'armure EVA-02 affrontent l'ennemi avec un courage qui ne les abandonne jamais.L'apparition inattendue de l'Huitième Ange, comme un éclair dans le ciel d'une journée orageuse, met en danger la base de la NERV. La situation devient encore plus complexe lorsque le Neuvième Ange prend le contrôle de l'EVA-03, ce qui pousse Shinji à se dépêcher pour l'arrêter, tout en ignorant que Asuka est à bord.Dans un geste déterminé pour sauver son frère, Gendoh décide d'utiliser le Dummy Plug System de l'EVA-01 afin de contenir l'influx destructeur représenté par le contrôle du Neuvième Ange sur l'EVA-03