Dans l'atmosphère feutrée du Japon, une série d'événements inexplicables suscitent l'inquiétude populaire. C'est en ces moments difficiles que les habitants de l'île Odo se rassemblent pour honorer "Gojira", un légendaire monstre marin dont la puissance est telle qu'elle peut faire trembler le monde. Mais, une nuit orageuse, un événement inattendu surgit et sème le chaos dans les rues de l'île. Le matin suivant, des traces d'activité radioactive apparaissent sur le sol et un fossile fascinant découvert par le professeur Kyohei Yamane suscite une grande énigme. Peu après, un monstre gigantesque fait son apparition à la vue de tous avant de disparaître dans l'océan