En récompense de leur bravoure, Lilo, Stitch, Jumba et Pleakley sont envoyés dans quatre recoins paradisiaques de la galaxie, où ils profitent d'une période de bonheur tranquille avant un nouveau défi. Cependant, cette paisible existence est brutalement interrompue par l'évasion du Dr Hamsterviel, qui force Jumba à créer Leroy, le jumeau redoutable de Stitch, et son clonage en une armée formidable. Lilo rassemble ses amis pour se préparer à un affrontement intense, découvrant dans la détresse que l'amitié indéfectible qui les unit peut surmonter n'importe quelle adversité